（一）系统性
财政部已制定的各行业会计制度中都系统地给出了总账科目及少量二级科目的名称和科目编码。在设定总账科目编码时必须符合财政部门制定的会计制度中的有关规定，设立明细科目编码除会计制度有规定的以外，可按上级主管部门和本单位的管理要求设定，以保证科目代码的系统性和统一性。

（二）一义性
要保证每一个代码对应于一个会计科目，既不允许出现重复的科目编码又不允许出现同名的会计科目，但如果同名的明细科目分属不同的上级科目，则可以被系统接受而不认为是同名的会计科目。

（三）简洁性
在满足管理要求和适合计算机处理的的前提下，力求代码简单明了、位数越短越好，既便于记忆又能提高输入凭证的速度。

如果设定的分段代码位数较长而绝大多数上级科目所包含的明细科目个数不多时，其他科目的凭证输入速度势必会受到影响，与简洁性相矛盾。为了解决这一矛盾，可将明细科目先分类，按分类设置二级科目，然后再设置下级明细科目，如应收账款总账科目下先按客户所属地区分类，设置二级明细科目，然后再按客户名设置三级明细科目。更理想的解决方案是应用往来客户辅助核算，目前的商品化会计软件通常都提供了这一功能。因辅助核算中的项目代码与会计科目的代码完全独立，自成体系，项目代码只与其关联会计科目如前述应收账款等往来科目相关，不影响其他科目的代码设定，与科目代码的位数无关，非常便于扩充。如选用了辅助核算功能，在科目代码设置之后，还要设置辅助项目代码及名称。如果单位的会计业务，特别是货币资金涉及外币，在建立科目体系时还要将外币考虑进去。会计软件中提供了复币核算的功能，在系统初始化时必须将外币资料输入系统，这些资料包括：外币代码、外币名称、与本位币的汇率等。