根据2013年12月11日，广州市政府发布《广州市人民政府关于改革完善食品药品监督管理体制的实施意见》，食药监管体制改革重点是将原质监、工商、经贸委等负责的涉及食品的职能并入食药监局，食品安全监管职能相对集中实施。
根据《广州市人民政府办公厅关于印发广州市食品药品监督管理局主要职责内设机构和人员编制规定的通知》（穗府办[2014]9号），划转后食品安全监管内设4个处室和1个执法分局，包括食品生产安全监管处、食品市场安全监管处、餐饮安全监管处、综合协调处和食品安全监管执法分局。
改革后，广州市食药监局内设机构12个处室，保健品化妆品监管处、医疗器械监管处、药品安全监管处、政策法规处、食品市场安全监管处（工商划入）、食品生产安全监管处（质监划入）、食品餐饮安全监管处、应急管理处（挂稽查处牌子）、审批管理处、综合协调处（食安办划入）、组织人事处、办公室。（原药品流通监管处改革后并入药品安全监管处。）