99年大批软件的失利以及FF8的成功,使SQUARE的经营方向更加倾注于FF系列。2000年1月底,史克威尔千禧祭隆重举办。在会场上SQUARE一口气公布了三款FF,分别是夏季登场的《最终幻想IX》、PS2上的《最终幻想X》以及网络版的《最终幻想XI》。Playonline计划就是在该会场上首次公布,这是史克威尔向网络游戏新领域的全新挑战,而其中的重头戏就是《最终幻想XI》。
2000年3月4日,日本平成12年3月4日。索尼再度巧妙利用数字组合发售了Playstation 2。PS2发售前后日本游戏业界再度处于火热状态。2月中旬,SCE网络商店刚接受玩家预定时,即刻因为登录人数太多发生严重网络堵塞。PS发售后三天内即创下98万台销售记录。这台新霸主的诞生也宣告着PS时代的终结。正如SFC一样,PS在寿终正寝之时焕发了最后的惊人光芒。日本两大RPG同年登场,《最终幻想IX》7月7日发售,《勇者斗恶龙VII》8月26日震撼降临。
亚历山大王国的布拉妮王后挑起了与领国的战争,为了找出事情的真相,她的女儿嘉内德自动接受了杰丹等人的盗贼团的绑架。最后他们发现原来王后受到了男巫库加的控制,他希望利用召唤兽控制盖亚世界。而作为召唤士的嘉内德自然成为其眼中钉。这个由盗贼团组成的队伍很快发现,库加原来是加兰的下属。加兰来自异世界泰拉,他控制着盖亚大陆上的灵魂薄雾,并想借此力量帮助泰拉在盖亚世界中的复兴。极具野心的库加背叛了加兰,并开始实施其邪恶计划。最后,杰丹一行打败了库加和终极怪兽Necron,泰拉的居民最后也得以在盖亚大陆和平定居。
事实上在FF8开发之时,SQUARE社内也同时开始了FF9的策划。然而这两款游戏却有着天壤之别,FF8是一款完全突破传统的游戏,而FF9的主题却是回归原点。FF9回到了FF6以前的风格,游戏的主题又回到了水晶、古老的职业系统再次回归、人物造型再度回归Q版、人物设定方面也由天野喜孝重新执笔,在画面风格上更是象极了FF7,总体来说FF9是对系列游戏的一次回顾。在情节上,FF9在给人一种轻松感觉的同时也始终带着点酸酸的味道,感动人于细微隐约之处--史克威尔的煽情手法在该作中已经成熟到不留痕迹的地步。在游戏系统方面,除回归的职业系统外,"必杀技"系统也被"环境"系统所取代。角色可以在日常对话中聚攒怒气,并在战斗中爆发出来,"怒"维维可以在战斗中一回合使用两次魔法,而 "怒"杰丹的攻击力可以指数级上升;另外水晶系统再次出现取代了魔石系统;在画面方面,由于FF8基本上已经将PS机能推向极限,FF9上基本上没有太大的进化,不过在一些细微方面的特效还是可以看出史克威尔精益求精的制作精神。
同99年一样,2000年的史克威尔同样没有太大作为。松野泰己的《放浪冒险谭》虽然成为FAMITSU史上第三款满分游戏,但在当时25万套以及最终45万套的销量实在是令人失望;PS2上的首款大作《保镖》预期销量300万套,最终却以30万套的惨淡销量收场。SQUARE在这段时间里的游戏确实是缺少真正大作的风采,《放浪冒险谭》虽然游戏性一流,却缺乏吸引人的刺激性元素;《保镖》画面上华丽至极,本质上却极为苍白存在诸多不足,无法让人投入游戏。这段时间里SQUARE游戏品质不高的主要原因是正在同时进行的重点大型项目实在太多,电影版《最终幻想:灵魂深处》占用了SQUARE的大批精英,另外PS2《最终幻想X》、网络版《最终幻想XI》都在紧张制作中,维系这些作品高额制作费用的就是FF9带来的高额利润。FF9在7月7日正式发售,虽然PS市场已经开始萎缩,FF9的出现还是极大刺激了市场活力。该作首批出货26万套,最终销量279万套,在海外也取得了219万套的成绩。尽管8月26日《勇者斗恶龙VII》的发售造成了更大的轰动,最终创造了国内411万套的惊人成绩。然而其在海外市场上几乎没有影响力,而且DQ7的骄人成功在很大程度上是拜其漫长的制作时间所赐,玩家们长达五年的漫长等待在PS晚期被推向了极至。如果仔细衡量几年来FF系列造成的持续社会效应,以及其在国外市场上的优异表现就可以看出,此时的FF事实上早已凌驾在DQ之上。2002年全日本出版机构评选的最有影响力15个游戏品牌中,"最终幻想"系列以将近DQ三倍的得票稳居榜首。