和其它佛珠一样，砗磲佛珠最主要的注意事项基本上就只有一条，就是清净。如果细说起来，可以有以下几点注意事项：
不要手腕上带着念珠去卫生间方便，如果需要去的话可以将念珠摘下放在上衣口袋里，夏天可以贴身挂在脖子上。
不要在夫妻同房的情况下戴念珠或者放在床边。
吸烟或者用手触摸过从葱、蒜、韭菜或者饮酒时佩戴念珠，更不要将烟吐到念珠上。
念珠不使用和佩戴的时候应当放在佛堂里或者佛像跟前，有熏香的行人可以在每天早上起来使用之前用熏香熏一下。
不要随意触摸其他人的念珠。

念珠不要放在裤子兜里，更不要放在屁兜里。
念珠挂在脖子上或者挂在墙上时应该将佛塔向上。
请不要用摸过肉或者鱼等不洁净东西的手触摸念珠，在摸念珠之前应当洗手。
在计数的时候，每念完一串的时候，不要将念珠翻转以后再计数，要不间断的循环计数。相反，转念珠计数这样做的人说是不越过佛头，这是不正确的，应当在同方向继续拨动计数。任何的经典也没有翻转以后计数这样的记载。

不要在持念的时候随意抡动或摆动念珠，要在腰部以上的位置严肃的郑重的计数。