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虚拟筛选依赖分子模拟技术,从大量的有机化合物中遴选出可能有效的候选化合物,避免了对化合物的盲目筛选,从而大大降低了发现活性先导化合物的成本。虚拟筛选作为计算机辅助药物设计中的一项实用化技术,在当代的创新药物研发中发挥着重要的作用。
在此基础上,选择合适的小分子化合物库不仅能极大的提升工作效率同时能节省工作时间、购买费用等。本文简单分享一些虚拟筛选的小分子化合物库。
常用数据库:
ZINC、PubChem、DrugBank、ChEMBL、ChemDB、HMDB、BindingDB、SMPDB。
常用化合物库介绍:
1)筛选化合物库分类:多样性化合物库、上市药物分子库、已知活性库、靶点化合物库,天然产物库,片段库等等;
2) 常用化合物库品牌:Chemdiv、Enamine、Lifechemicals、Specs、Chembridge、Maybridge、Microsource 、Vitas-M、Interbioscreen等;
3) 各品牌化合物的优劣势介绍:
a.ChemDiv:140万库存分子,多样性被认为是商业库中最好的,每年新增20万以上的分子,每年新增的量就和Specs全部的分子数一样多了,而且有很多虚拟筛选的针对各靶点的子库,被大量的高通量筛选的客户选用。到货很快,快的时候1周就可以到货了;
b.Enamine:100万以上,乌克兰的公司,多样性也不错,但价格要高于chemdiv;
c.Lifechemicals:60多万种分子,库存量充足,如部分产品库存不足可很快完成合成及补充工作,进入中国市场较晚,价格中等;
d.SPEC:20多万种分子,价格最便宜,最早进入中国市场,已经被各大研究单位无数次的反复筛选过。近年有些研究单位实验结果显示:没有新的化合物已经有将近10年未更新化合物,溶解性,多样性都相对比较差;
e.Chembridge:有70万种小分子,将化合物分成1,2,3 或4类,价格都不一样,是依赖于化合物合成的难易来分的。相对价格较贵;
f.Maybridge:只有6万种小分子,杂环化合物比较多,但因为定价最高,选择的人相对较少,同时到货周期也比较慢;
药物筛选管理系统(DSMS)是一款综合虚拟筛选与实体筛选的药物筛选数据管理系统,内置化合物资源库,为大规模化合物高通量筛选提供数据管理一站式解决方案,加速药物发现。该系统整合虚拟筛选、实体筛选及化合物资源三大模块,数据相互关联。
基于相似性原理,从化合物资源库中查找相似化合物,从而进行生物实验验证,并将筛选数据通过实体筛选模块管理,一个活性化合物发现多个活性化合物,实现一站式科研数据管理。
药物筛选管理系统功能介绍有:
可筛选库
内嵌结构编辑器
查询功能
虚拟筛选管理
实体筛选管理管理


1楼2018-12-21 16:22回复