我国有机枸杞的生产始于2003年，获证企业逐年增多，至2012年，以有机的名义出口的枸杞退货严重，对国家声誉造成了严重不良影响。经各方专家综合论证评估，枸杞从《有机产品认证目录》中删除，国标有机枸杞生产暂时中止。
　　随着国内消费市场对高品质枸杞的需求持续增加。国家认监委于2016年重新启动了枸杞有机认证项目。鉴于枸杞病虫害种类非常多，有机生产的难度极大，此次重启的枸杞有机认证采取试点的方式。经过2016年-2017年的试点，自2016年我国有机枸杞试点认证恢复以来第一个有机枸杞认证证书在青海格尔木颁发。
2018年3月21日，中国质量认证中心将全国首张有机枸杞认证证书颁发给青海格尔木亿林枸杞科技开发有限公司，这是自2016年我国有机枸杞试点认证恢复以来所颁发的第一个有机枸杞认证证书。