理论上来讲，任何可以减少有害菌，而有有助于有益菌生长的物质都可以叫作益生元。
其中菊粉和FOS（低聚果糖）益生元都是益生元的种类。
他们的共同点：
他们都来源于植物，比如洋葱，大蒜，香蕉等都含有菊粉及FOS益生元。
他们都是属于果聚糖，都是水溶性膳食纤维。
他们都可以降血脂，降低血糖，调节肠道菌群，改善肠道健康，改善便秘，预防结肠癌。
他们的区别：
聚合度不同。菊粉是聚合度为2-60不等，由多聚果糖与低聚果糖组成，同时含有长链和短链；而FOS益生元只是聚合度为2-9的短链果聚糖。
来源不同。菊粉来源主要是菊苣，或者菊芋；国内以菊芋根状茎为原料，去除蛋白，胶质，粗纤维和矿物质，经水提取，离子交换，膜过滤，喷雾干燥等生产工艺得到菊粉。其过程也是通过化学的手段。国内的FOS益生元主要获得手法为：以蔗糖为原料，用生物酶解法转化得到低聚果糖，这是亚洲普遍的做法，也叫人工合成的FOS益生元。欧洲的FOS益生元主要获得手法为：先从菊苣提取菊粉，然后酶水解得到低聚果糖。无论是亚洲，还是欧洲都是人工，化学的办法获取FOS益生元。只有新西兰是通过选取本身富含高含量的FOS益生元的植物-新西兰雪莲果，进而将雪莲果浓缩获得雪莲果浆。
对有益菌的增殖能力不同。菊粉和FOS益生元使有益菌增殖的数量不等。菊粉在人体肠道能被有益菌利用，能使双歧杆菌增值5～8倍；FOS益生元能使有益菌数量增殖10倍左右。
FOS益生元滋养的有益菌菌株远远多于菊粉。实验中55种双歧杆菌菌株，FOS益生元基本全部可以被利用。而只有其中8种能被菊粉利用。对于双歧杆菌来说，它们更喜欢短链的FOS益生元。