黑暗组织其实是琴酒误解了天皇的意思而创立的一个组织。
天皇在临死时留下的密涵的真正含义是对未来的担忧。这个迷最终被工藤破解了。
灰原也研制出了解药，和工藤一起变回了原样。但她在与黑暗组织的战斗中受了伤导致失忆。兰为了新一弹了一颗子弹。通过新一的长期照料，兰恢复了，并和新一一起出国留学了。
灰原最终记起了过去的事，她哭了。因为工藤选择了兰......