和主线不搭一是作者不同,所以作品风格、叙述方法和主题会发生不同. 二是和所谓“高达UC正统”这么一个先入为主的观店,并将93-105剧情视为上下直接衔接的剧情,锁死了出发点有关. 加上只接受UC世界是线性发展而不能接受UC世界发展的多样性与可能性. 那在中间的独角兽自然会显的突兀,因为单看独角兽的剧情和设定明显会颠覆105年剧情.
然而目前闪哈的剧情表现来看,96/97并没有影响到105,甚至提都没提到这两年. 这个可能的原因也回答了你第二问为什么独角兽的技术明显强于柯西却最终是柯西:因为UC的剧情已经收束,框架技术不存在了.
UC事件里的三个势力都选择封印框架技术,而联邦官方强洗小美演说将非事件参与者引导到最终“无事发生”的结果.
结果就是到了105年大孝子只能举联邦腐败的旗,摔杯为号,搞掉档次的KB袭击. 而不是举更加有影响力和号召力的联邦在96里否认原始宪章的旗. 而故事线收束导致在105年框架技术已经是被封死到不曾存在过这种表面事实,所以大孝子才用的是柯西.
当然也有一种可能是知道框架上下限靠的是驾驶而不可靠所以不用,不过我个人还是偏向是故事线收束导致105年不存在过框架这种观点,毕竟就按人的天性,只要知道有就绝对有人会打框架的主意,就算孝子不用,AE或联邦肯定也会有人偷搞,量产强化人都要用(比如古雷米那人渣

)
(基于目前已有的UC系影视作品的个人观点)