女神异闻录6，拥有察觉周围普通人心情好坏的第三只眼的男主，大学毕业后进入一家百强企业，被卷入商战的故事，人际关系可以在公司内，下班回家路上，晚上出门打零工等时间建立。
故事简介：男主大学毕业后，没有和自己实习的公司续约，而是跳槽到了一直梦想去的百强企业三菱VR公司，坐火车独自来到了札幌，寄宿在了朋友古伏中哲（战车）的家中，刚进公司第一天，感觉同事对自己都过于热情，觉得有些意外，虽然自己是公司请的技术顾问，但通常情况下不应该都是有的人热烈欢迎有的人爱答不理才对吗，况且还是一家大企业都没有人勾心斗角吗，男主没有想太多，接受了同事们的好意。下班回家途中，男主发现地铁站路线和来的时候稍微有些不同，说不出是哪里，于是就这样坐到了末站。下了地铁，发现是一个不知道在哪里的站台，也没有人，等了好久也没见下一班地铁的到来，男主觉得是坐过站了，于是打算直接出站找其他方法回去，可是走了很久也没有见到任何出站口，转站口，就好像鬼打墙一样，突然在月台对面看到了一个红发少年，男主想要搭话，只见红发少年往他的方向扔来一张像挑战书一样的信纸，男主打开信纸，上面用别扭的片假字写着：如果未来2小时发生了什么，请不要惊慌，请不要让红色的东西进入你的视线。男主猛一抬头，红发少年不知道什么时候消失了。
女神异闻录6的主题是自我否定，否定不正确的过去，寻找正确的未来。故事的开头，前作男主之一皆月翔把召唤面具之力的方法给予了男主，男主在紧接着发生的“红灯警示”中，觉醒了初始人格面具“恶代官”，但这是个会吞噬宿体力量的逆位面具，男主需要得到人类的眼泪将其净化，而札幌这个地方，正在被邪恶组织德斯帕莱雅（绝望的谐音）侵蚀，人们各怀鬼胎，不少市民被组织所利用成为伪装军，而男主将和皆月翔等人，与德斯帕莱展开殊死搏斗，与邪恶组织。
最初的小队：男主（愚者），皆月翔（魔术师），古伏中哲（战车）在第一次BOSS战后入队，之后的伙伴，基本全部是德斯帕莱的干部洗白过来的，男主与伪装军统领进行战斗将其击败并收编。
接下来是常规主角团：
月见星野（隐士）：公司宣传部，女，21岁，同样是刚大学毕业，被洗脑加入德斯帕莱雅。
水末阳寺（皇帝）：销售部经理，男，29岁，有很好的口才，最崇拜的人半泽直树，被洗脑加入德斯帕莱雅。
中纪理科子（女教皇）：创意总监，女，24岁，美术生毕业，性格文静，被洗脑加入德斯帕莱雅。
天之川映美里（恋爱）：高中二年生，女，16岁，成绩优秀，性格开朗，打算毕业后去当虚拟主播。不知为何加入德斯帕莱雅，似乎不用战斗自动加入了男主的阵营。
安倍源英（节制）：死敌公司董事长，男，33岁，一开始和男主的公司针锋相对，很欣赏男主想要挖角但一直没成功。德斯帕莱雅中级干部，常规剧情最后洗白入队的角色。
后面还会陆续解锁一些重要的隐藏角色，本作的社交范围比前几作广，跨度学生和社会人士之间，而男主本身作为社会人士，自然和他们相处没有违和。本作召唤人格面具之前，需要红色介质，包括不限于血，不过男主等人则用了开头所提到的红色信纸。
然后闭上眼睛念出召唤咒语：以上内容都是我瞎编的