1、 纯度不同。藻类DHA含量高，几乎不含EPA。深海鱼油提取的DHA，EPA含量极高。
2、 适宜人群不同。海藻油提取的DHA最有利于婴幼儿的吸收，并可以有效促进宝宝视网膜和大脑的发育。深海鱼油提取的DHA，EPA含量极高，EPA有降血脂、稀释血液的作用，所以从深海鱼油中提取的DHA和EPA适宜老年人、成年人食用。
3、 所含有毒成分不同。与鱼油DHA相比，藻油DHA具有一些鱼油不可比拟的优点。它们是纯天然，无重金属残留的绿色食品，纯素食，没有鱼腥味，属于可持续再生资源，来源可靠。
4、 藻油DHA相对更加稳定和安全，适合孕产妇和婴幼儿食用。由于价格较高，大部分营养食品中添加的量并不够高，消费者要仔细阅读各种食品说明书，并结合DHA的需要量来进行选择和判断。