根据中国一级建造师考试的规定，考生需要在工作单位所在地或者户籍所在地的省级人事考试中心报名参加考试。因此，如果您的 工作单位在南通，您应该到南通市人事考试中心报名参加一建考试。如果您想在南京参加考试，需要先咨询南京市人事考试中心的报考规定，确认是否允许非本地居民报名参加考试。