NERV全部被抓，老碇冬月加持叔叔逃掉；
碇叔叔和冬月去死海找寻“最后的秘密”；
加持叔叔深入NERV救美里，在逃出途中被发现，激烈枪战后死在美里怀里；
8号机前往最终教条，半路遇到了真希波驾驶的7号机，熏同学说8号机是真神，希波同学说7号机是最初的孩子-噬神者；
7号机（原剧场版量产机样式，不过是绿的）吸收两只郎枪后威力剧增，8号机被打爆，插入栓弹出，光之巨人出现，类似3冲画面出现，熏表示“故事已经脱离脚本”；
正在真希波于LLS前发动仪式时，美里所说的最后武器-SS装2号机出现；
但2号机实力与7号机实力相差太远，根本连伤害也无法造成，于是明日香打开眼罩，释放被压缩的霞天使，形成双核心，2号机使徒化；
使徒化2号机用抢来的郎枪同7号机斗得难解难分，最后利用主动暴走一枪击碎7号机插入栓；
明日香正在高兴之时，第三把朗枪从天而将，击杀了霞天使，并大破2号机；
2号机在起不能，另2把郎枪也刺入2号机，明日香精神污染，死去的真希波出现在明日香潜意识里，告诉她：本来要用初号机和4把郎枪才能发动仪式的，不过拥有双核心的2号机也勉强可以。最后她说到生命只能向前，哪怕只有死亡这一条路；
2号机与光之巨人合体，黑之月打开；
另一边，老碇在死海找到了死海文书正典，并在联合国揭露了Seele。
结束曲。
中欧印加等国制作的量产型EVA全部赶往日本，阻止3冲发生。
初号机醒来，老碇说，这下只差最后的使徒了，冬月说，以孩子们的鲜血来当作美酒，人类还真是无耻啊。