很久以前：
--魔法之岛上生活着魔法师，他们建造了一座塔以限制魔法
--某个野心勃勃之人摧毁了塔，魔法师们展开了战争
--一些魔法师制造了抑制魔素的装置，魔法师们变成了石头，但他们的后裔留了下来
“现在”：
--可可被遗弃在岛上，薇薇的母亲收养了她
--可可和薇薇的母亲一起当佣兵，卡梅莉亚是她们的伙伴
--薇薇的父母去世了（原因未知），可可和薇薇无处可去，洛洛收留了她们
--一位臭名昭著的暴徒从大陆逃窜到魔法之岛，他便是港务长。他将港口变成了自己的主基地，半交易半掠夺地欺压岛民
--薇薇三人离开了岛屿
--港务长为了魔力，试图破坏魔素抑制装置
--希雅拉从事着研究岛屿的工作，遇到了港务长的手下塔娜。塔娜以分享信息为借口利用希雅拉，并在她知道真相后刺伤了她，又破坏了魔素抑制装置
--魔素的释放让岛上的怪物暴动，女孩们也纷纷觉醒了魔力。让魔女怀韵者会得到魔力，于是港口的人四处搜捕魔女，并污蔑魔女是一切混乱的罪魁祸首
--重伤逃走的希雅拉委托村民带信给阿尔卑斯，这个村民切断了连接外界的桥梁以保护村庄
--阿尔卑斯独自外出寻找姐姐
--《阿尔卑斯与危险森林》
--港务长的女儿艾丽卡被父亲囚禁后，觉醒了夺取他人魔力的能力，和被囚禁的女孩们一起逃走了。莫娜卡选择和她留在一起，两人发现了地宫
--其他魔女被不明真相的村民驱逐，少数躲入地宫，多数被卡梅莉亚收留
--洛洛为解决港口问题带队来到岛屿，正好遇到魔素被释放
--洛洛和薇薇到达一个村庄，塔娜和她的手下光头男拐走了薇薇
--莫娜卡尝试救出薇薇，但遇到了怪物，没有追上
--薇薇醒来，失去了中途的记忆，看见光头男被绑住倒在地上（这一段很迷，我会在楼下尝试分析前因后果）
--两人坐车前进，遇到哥布林袭击。薇薇击败哥布林后被光头男偷袭，落下悬崖
--莫娜卡发现薇薇安全着陆，回去找到了洛洛和可可，带她们去了地宫
--薇薇在夜晚被猴群袭击陷入苦战，村中少女吹奏号角模拟咆哮声救了薇薇，并带她到自己家中过夜
--第二天薇薇在海边遇到莫娜卡，到达地宫
--港口的人袭击了村中少女的村庄，薇薇一行人阻止了他们
--阿尔卑斯在森林中被狗群围住，薇薇出现救了她
--众人帮阿尔卑斯找到了希雅拉
--众人前往各个村庄，试图联合对抗港口
--塔娜拐走了阿尔卑斯，薇薇和可可前去救援
--在曼德拉草和毛茸茸的帮助下，阿尔卑斯带着薇薇逃离。艾丽卡独自击倒了塔娜和剩下的敌人
--薇薇和可可与追上来的双头大蛇战斗，薇薇被大蛇吞入“腹中”，莫娜卡冲入腹中空间帮薇薇逃脱，大蛇被击退
--众人找到了卡梅莉亚，得到了她手下魔女们的帮助
--港务长主动现身攻击众人，在艾丽卡的帮助下薇薇击败了他
--艾丽卡的魔力暴走，薇薇唤醒了她
--艾丽卡从港口的男人身上吸收的魔力根源是那些牺牲的魔女，恶魔自这些魔力中诞生。两人被拉入恶魔的空间，薇薇击败了恶魔
--剩余的魔力试图附身薇薇，阿尔卑斯用捡到的水晶控制住魔力，薇薇了结了魔力的新本体奇美拉，将它变成无害的小猫
（话说这个水晶到底是什么？在游戏中出现了好几次但并没有介绍...）
结尾：
--港务长和塔娜的阴谋破灭，两人还会继续为恶吗？不得而知
--卡梅莉亚收留的魔女们回到了村庄，灰色少女和红色少女之后应该会坐洛洛的船离开
--莫娜卡和艾丽卡两人在野外生活在了一起
最后附上大团圆的图