本作剧情发生在秘鲁北部的雨林地区,发生在印加人失落的黄金城——帕伊提提,我们将在这里终结劳拉的宿敌——神秘的圣三一的阴谋,再一次阻止世界灭亡…被圣三一紧追不舍的劳拉不慎坠入了深水之中,筋疲力尽的劳拉在水中想起了因为自己的自私偏执导致灾难的发生而逝去的无数生命,想起了因为自己的固执而逝去的约拿,想起了圣三一那企图统治世界的阴谋即将要得逞。劳拉陷入了极度的自责之中,决心即使要双手沾满鲜血也一定要为逝去的生命报仇,为约拿复仇,彻底粉碎圣三一的阴谋。于是,伴随着熊熊燃烧的烈焰,一位宛如从地狱杀回的女战神缓缓从水中站起,挺直了自己的腰背,手持锋利的匕首走向了近在咫尺的圣三一士兵。一番激烈交火后,劳拉望着满目废墟,神色落寞。忽然,一道熟悉的身影缓步走来,劳拉定睛一看,竟然是本以为早已死去的约拿。劳拉激动万分,掩面而泣。在经过约拿一番简单的安慰后,劳拉情绪逐渐稳定,然后就又踏上了寻宝之路……