危机纪元205年
人类建成庞大的以木星轨道为基地的太空舰队——由亚洲舰队、欧洲舰队、北美舰队组成的太阳系舰队，人类世界对在末日之战中战胜三体舰队充满信心。
作为PDC的替代者，太阳系舰队联席会议决定中止面壁计划，罗辑、希恩斯结束冬眠并恢复普通公民身份。希恩斯被破壁。
章北海结束冬眠，进入亚洲太空舰队并担任“自然选择号”执行舰长。
三体舰队发射的10个探测器中的其中一个即将先于其它9个进入太阳系。
章北海控制下的“自然选择号”逃离亚洲舰队，开始星际逃亡。亚洲舰队“蓝色空间号”、“深空号”，北美舰队“企业号”和欧洲舰队“终极规律号”随即组成追击舰队启航追击。
在木星附近，“水滴”——由强互作用力材料构成的三体探测器向密集编队的人类太空舰队展开攻击，除逃亡的“自然选择号”及其追击舰队、提前进入深海状态的“量子号”和“青铜时代号”共7艘太空战舰侥幸逃脱外，太阳系舰队2000余艘恒星际战舰在一个小时左右被“水滴”逐一摧毁，人类的太空武装力量近乎全军覆没。
“自然选择号”及其追击舰队组成星舰国际，航向距太阳系18光年的天鹅座方向NH558J2恒星。
星舰国际爆发“黑暗战役”，“终极规律号”发射次声波氢弹杀死了“自然选择号”、“企业号”和“深空号”的全部舰上人员。因有提前防备，“蓝色空间号”幸免于难并发起反击，彻底摧毁了“终极规律号”。最终，“蓝色空间号”获取了其它3艘战舰上的核聚变燃料和关键系统备件，为接下来的漫漫航程提供了充足的物质保障。
几乎同时，“黑暗战役”在太阳系遥远的另一侧爆发，“青铜时代号”使用次声波氢弹对“量子号”发起了突然攻击，杀死了所有舰上人员，夺取了其燃料和备件。
黑暗战役里，在黑暗无际的太空中孕育出了黑暗的新人类。
“蓝色空间号”利用3艘战舰残骸构建了一处太空陵墓。在为黑暗战役全体死难者举行葬礼之后，正式踏上了飞往NH558J2恒星预计长达6万年的航程，并将在这里补充燃料后航向下一个星系，寻找未知的适宜人类生存的星球。
在此之前，“青铜时代号”已离开“量子号”废墟，飞向金牛座方向未知的太空。
“蓝色空间号”和“青铜时代号”切断了与太阳系的一切联系，对地球世界的谴责不作任何回应。
至此，来自人类文明的两艘黑暗之船与黑暗的太空融为一体，隔着太阳系渐行渐远，无声地消失在宇宙永恒的夜色之中。
“水滴”到达太阳同步轨道，始终保持在地球与太阳之间并距地球4万公里的位置上，不间断地向太阳发出强烈电磁波，太阳被封死，人类将不再可能通过太阳的电波放大作用向宇宙发送任何信息。
观测发现，人类两个世纪前向太空发送的“咒语”生效了，187J3X1恒星及其4颗行星在51年前被一个光粒摧毁了。
面壁计划被恢复，罗辑被指定为唯一的面壁者。
联合国面壁计划委员会和太阳系舰队联席会议决定由罗辑领导实施“雪地工程”，在太空中制造尘埃云，以跟踪锁定将在3年后到达太阳系的9个“水滴”。
危机纪元208年
罗辑以引爆雪地工程部署在太阳轨道上的3614枚核弹，释放油膜物质形成团状星际尘埃，通过太阳的灯塔作用向宇宙发送坐标，暴露三体世界和太阳系位置相威胁，迫使三体世界同意，让“水滴”停止向太阳发射干扰电波，另外9个“水滴”改变航向飞离太阳系，三体舰队不越过奥尔特星云并转向偏离太阳系航线。同时，三体世界同意，帮助人类建立引力波天线，解除智子封锁并向人类全面传授科学技术。
危机纪元213年
引力波天线建成。人类进入威慑时代。