我是高中生侦探 工藤新一。
某天，我和青梅竹马的同班同学 毛利兰 去游乐园玩，却无意中撞见两个黑衣男子进行可疑交易的现场。那伙人做梦也没想到会被旁人窥见，结果我被他们同伴从背后制住，强行灌下毒药。醒来时，我的身体竟然缩小成了孩子的模样！——若是让那帮家伙察觉我还活着，性命必遭再度威胁。为此，在 阿笠博士 的建议下，我隐藏真身，化名 “江户川柯南”，并寄住在兰家——她父亲 毛利小五郎 开的毛利侦探事务所。
为了更方便搜集情报，我又在事务所楼下的咖啡店 “波洛” 打工。店员 安室透 的真实身份，是隶属于警察厅警备局秘密组织“零”并指挥公安警察行动的干部；他的本名叫 降谷零。
降谷的下属中，有警视厅公安部的 风见裕也；与降谷同期的 诸伏景光 也被认为是公安刑警，只不过似乎已经殉职。
景光的哥哥 诸伏高明（绰号“孔明”）是长野县警搜查一课的刑警。同在长野县警的一贯搭档，是他从小学时代就同班的好友 大和敢助；而敢助的青梅竹马 上原由衣 也在场。看来这一次，将是一桩把他们全部卷入的重大案件——
不论身体变得多小，头脑依旧如昔。没有破解不了的迷宫——真相永远只有一个！
某天，我和青梅竹马的同班同学 毛利兰 去游乐园玩，却无意中撞见两个黑衣男子进行可疑交易的现场。那伙人做梦也没想到会被旁人窥见，结果我被他们同伴从背后制住，强行灌下毒药。醒来时，我的身体竟然缩小成了孩子的模样！——若是让那帮家伙察觉我还活着，性命必遭再度威胁。为此，在 阿笠博士 的建议下，我隐藏真身，化名 “江户川柯南”，并寄住在兰家——她父亲 毛利小五郎 开的毛利侦探事务所。
为了更方便搜集情报，我又在事务所楼下的咖啡店 “波洛” 打工。店员 安室透 的真实身份，是隶属于警察厅警备局秘密组织“零”并指挥公安警察行动的干部；他的本名叫 降谷零。
降谷的下属中，有警视厅公安部的 风见裕也；与降谷同期的 诸伏景光 也被认为是公安刑警，只不过似乎已经殉职。
景光的哥哥 诸伏高明（绰号“孔明”）是长野县警搜查一课的刑警。同在长野县警的一贯搭档，是他从小学时代就同班的好友 大和敢助；而敢助的青梅竹马 上原由衣 也在场。看来这一次，将是一桩把他们全部卷入的重大案件——
不论身体变得多小，头脑依旧如昔。没有破解不了的迷宫——真相永远只有一个！
