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吸水型异生兽 阿尔戈顿
高浓度异生兽因子与海绵、花园鳗融合后诞生的异生兽，可以通过吸收水分来增大体型与恢复体力。从口中喷射出腐蚀效果的高压水流与蓝色波动光弹，脖子可以伸长发动攻击，身上的海绵孔可以发射出蓝色的闪光将敌人逼退。
躲藏在满是水的异形空间“阿尔雷顿之海”之中，平日里可以通过这个空间从各个地方的湖中伸出头来捕食人类。
初次登场用两个脑袋和奈克瑟斯幼年形态交手，用高压水流和青色破坏光线让奈克瑟斯陷入苦战，被粒子光之羽切断了一个脑袋，火速撤退。
第二战被奈克瑟斯找出了藏身之地，企图通过主场空间压制奈克瑟斯，却被奈克瑟斯红色成年形态的美塔领域反过来覆盖，在美塔领域中逐渐被压制，最后被奈克瑟斯的叠层风暴击杀。
这次战斗中，奈克瑟斯救下了夜袭队的副队长，这也是本作夜袭队第一次与奈克瑟斯的见面。但这个夜袭队比较识时务，没有攻击奈克瑟斯而是选择先和适能者沟通

恶魔型异生兽 诺斯菲尔（强化体）
异生兽因子与老鼠结合后合成的异生兽。比起原版诺斯菲尔体型发生了变化，各方面数值都得到了提升。并且多了喷射火球和爪子扔光弹的能力，牙齿可以注射异生兽毒素。
第一次在适能者江凡进入遗迹后出现，与刚刚变身的奈克瑟斯交手，被奈克瑟斯红色青年形态用十字风暴轻松击败。
第二次被黑暗巨人召唤出来出现在天华高中附近，在黑暗巨人的帮助下咬伤了红奈。最后被红奈用吸收了美塔领域能量后使出的必杀技-武装光球击杀。
第三次出现，被红奈用叠层风暴彻底消灭

爬虫型异生兽 理扎理阿苏萨杰拉
异生兽因子与蜥蜴合体后出现的异生兽，与理扎理阿苏纽特属于同一类型但不同个体，被黑暗巨人黑暗考士特所控制着，出现在了天堂岛。
能从口中喷射出红色的灼热破坏光线，牙齿和爪子都含有一滴就能毒死一万名人类的剧毒，腕部的触角可以挥舞出圆形的光刃，能够轻易地将天堂岛的大山一分为二。
第一战时，与奈克瑟斯银色幼年形态交战，通过圆形光刃打断了奈克瑟斯变身红色青年形态的过程，让奈克瑟斯幼年形态陷入苦战，但被奈克瑟斯武装打碎了腕部的触角，被十字风暴击伤后钻地逃跑。
第二战时，再度出现，与奈克瑟斯红色青年形态战斗，最后在天堂岛被奈克瑟斯用粒子光之羽打断了蓄力，被夜袭队战车的百万脉冲光线消灭。

黑暗巨人 黑暗考士特
突然出现在适能者江凡面前的神秘黑暗巨人，自称是光的另一面。有着和奈克瑟斯红色青年形态持平的格斗能力。
必杀技为“黑暗粉碎”，威力略逊叠层风暴一筹。能够张开削弱奈克瑟斯光能量的亚空间领域——黑暗领域。
其真面目是适能者江凡大学时期暗恋的学姐，职业为教师，在毕业典礼结束后的当天就被黑暗奈克瑟斯杀害并改造。白天是温文尔雅深受同学们喜爱的老师，晚上则成了与奈克瑟斯处处为敌的邪恶巨人。操纵异生兽杀人。
最后为了保护奈克瑟斯，被异生兽杀害。

剧毒型异生兽 伯恩斯吉拉（未上色）
大量毒虫与异生兽因子混合而成的高级异生兽，具有很强的再生能力。对红奈来说，如果不用叠层风暴，就无法将其消灭。
被黑暗亚巴顿传送在黑暗考士特的黑暗领域当中，本来计划补刀击杀虚脱的奈克瑟斯红色青年形态，但被恢复意识的黑暗考士特强行挡下攻击，攻击间歇之余被红奈用拼尽全力的十字风暴击倒，但黑暗考士特也因此丧命。
再生后在歌剧院之岛出现，作为凶手“魅影”的“护卫”而行动着，能从口中喷射毒液与召唤大量毒虫，还能将毒虫植入人体从而实现控制人类的效果。
最后被奈克瑟斯红色青年形态用叠层风暴打倒

鹦鹉螺型异生兽 梅嘎福拉什二代
在天华高中附近突然出现的凶恶异生兽。外表就像是大量螺类贝类生物混合后的异生兽。防御力极高，从自己的器官处发射反重力光线捕食人类，能张开名为“彩虹屏障”的特殊亚空间，连奈克瑟斯的美塔领域都能隔绝。
第一战出现后，与奈克瑟斯红色青年形态交手，凭借灵活的空中优势将红奈压制，但在夜袭队的掩护下被红奈击落，最后甩开红奈飞走。
第二战与奈克瑟斯幼年形态交手，用电击之雨击伤了奈克瑟斯之前被诺斯菲尔咬出的伤口。但被爆发的奈克瑟斯幼年形态用旋转粉碎踢重创后又在伤口处被补了一发十字风暴，狼狈逃跑。
第三战被红奈带入美塔领域，被红奈暴打后，红奈打算使用叠层风暴却因为体力不支而倒下，于是开始破坏美塔领域屏障打算逃跑。最后被爆发的红奈用拯救之鞭扔翻，被红奈榨干能量后爆发的唯心叠层风暴消灭。此战后适能者身体也彻底崩溃，连青年形态都变不了了

黑暗巨人 黑暗亚巴顿（还没设计）
夜袭队前任副队长安羽凡变身的黑暗巨人。以右腕的“亚巴顿武装之剑”为武器，实力强悍。必杀技“亚巴顿•黑暗激流”更是有与唯心叠层风暴不相上下的破坏力。

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黑暗奈克瑟斯-贪婪
适能者：贪孽
就像是在追击一样，在奈克瑟斯奥特曼出现后紧随其后登场的神秘黑暗巨人。性格贪婪残暴，喜好奢侈。适能者是一个身着黑色皮衣，佩戴贵重首饰的神秘美少女。自称为“贪孽”，是光的另一面。也是黑暗考士特、黑暗亚巴顿与异生兽们的创造者。
是连续教唆杀人事件的幕后真凶，但自己只提供犯罪手法与计划，从不亲自下场，只在远处监视。
能够使用黑暗浮士德与黑暗梅菲斯特的全部能力，在人类状态下就能直接展开黑暗领域。还能够使用一种名为“异生兽武装”的战斗装甲。一开始盯上了奈克瑟斯枪色青年形态，但在蓝奈回归以后，将重心放在了蓝奈身上。

牛的

结冰型异生兽 斯多姆芙利兹
海兔与异生兽因子结合后诞生的凶恶异生兽。身体四周散发着超低温冷冻气体，能够瞬间将所在的地方变为冰天雪地。而在低温环境中，其实力将会得到大幅度强化。
从口中喷出超低温冷气，腹部的冰锥可以发射出去，也可以伸长来攻击敌人。
由于奈克瑟斯奥特曼的及时登场，异生兽被阻止，只是冻结了一个山区就被奈克瑟斯送入美塔领域。在美塔领域内冷冻能力被大幅度降低，最后被奈克瑟斯红色青年形态用叠层风暴击杀。在其被消灭以后，黑暗巨人黑暗考士特也出现在了美塔领域内，将美塔领域侵蚀为黑暗领域以后，战斗开始了

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