沪苏湖高铁2025年二季度列流图如下图。使用Excel加载项ChartExpoTM制作，请忽略水印。车次总数为112对。

统计的是上行方向（湖州往上海）的图定车次情况，下行方向有少量区别。2025年4月二季度图实际运营有千岛湖至苏州南方向G99/G100、千岛湖至江阴方向G1419/G1420、千岛湖至上海虹桥方向G1395/G1396各1对未开行，另有千岛湖至上海虹桥方向G1435/8 G1437/6 1对仅周末开行。五一运输期间除另电车G1395/G1396以外均实际开行。具体车次统计如下表。统计节点如图表所示，线路所不单列。

可以看出，若以上海虹桥站至湖州站为沪苏湖高铁本线，沪苏湖高铁本线车数量为0。即使将上海枢纽引入上海南站的车次也视为本线车，沪苏湖高铁本线车也只有2对。杭州西始发车也不多，13.5对（上行14趟、下行13趟），且其中部分承担了杭州经南通往连云港、青岛等沿海城市的客流。沪苏湖车次主体是从宣城（芜湖、合肥）、千岛湖（黄山、南昌、赣州、福州）、义乌（横店、温州、福州）等方向开来的跨线车。
宜兴、宣城方向经湖州站往沪苏湖高铁的列车均在上海枢纽始发终到，不经上海虹桥站继续跨线北行，且上海南站始发终到列车较多。杭州西站过来的车超半数经上海虹桥站继续跨线北行，既承担杭州西及其以远往上海的客流，又承担杭州西及其以远经南通北上或是往苏锡常、江阴等沪宁通道城市客流，尽管一些车次（比如G7140）明显以来往上海客流为主，两地往来上海的列车拼凑起来形成一趟车节省站台与到发线的占用，并节省车次号。一些车次有外放杭州西动车所过夜（外局车停放过夜或杭州西所担当出车夜间检修）的性质，其中上海虹桥站北向车次在杭州西所过夜的直接拉通运行至杭州西站，上海虹桥站或上海南站往沪苏湖西行的车次在上海虹桥站或上海南站折返换车次开管内往返杭州西站进杭州西所。
在这样的开行结构下，沪苏湖高铁开行列车数量相当多，非高峰期车均客流不理想（尤其是往杭州西、千岛湖方向的车次），但也较难减少车次。结合交路客流情况，上海局3月和5至6月淡季周中停运了一批管内列车，以及G1315/G1316 上海南~赣州西（千岛湖至上海南方向）及其套跑的C3083/C3080 上海南~湖州东每日停运。不排除后续大调图尽量剥离上海往千岛湖（黄山北）方向列车的交路以方便周中停运的可能性，但这最好是要黄山北动车所建成后才方便解套。
沪苏湖往宜兴、芜湖方向的列车车均客流尚可，其中上海至宜兴方向存在末班车过早、宜兴往上海方向存在上午大间隔的问题，后续等合肥动车所开通后估计会加开合肥、南京往返上海经由沪苏湖高铁的列车。
杭衢高铁开通后估计会新增、改线、延长一批往返沪苏湖高铁的列车。现行杭州西动车所出库时间较晚的往沪苏湖高铁的列车可以早上套跑一个杭衢高铁来回形成衢州往上海的车次，尤其是10点以后才出库的C3058和C3068套跑的可能性非常大。反向晚间车次情况类似，有C3057和G8321可以套跑。其他时段可新增和改线。