66号命令前,巴卡拉并不存在私下讨厌玉米头一说。
别拿TCW动画去过度解读这段小说:

这小说作者都是被TCW动画对曼达洛剧情的吃书给气走,不肯继续跟卢卡斯影业合作的。

按照这小说作者笔下的作品剧情跟设定书资料,66号是对克隆人宣布绝地叛国,不存在TCW动画对66号的芯片设计,克隆人接到命令前跟接到命令后的自我意识是没有变化的。所以巴卡拉接到命令后,认为玉米头背叛他们,之前战死的克隆人都是被他们这些绝地故意坑死的,所以对玉米头愤怒怨恨。
而该作者写的设定资料里说的很明白:

巴卡拉跟玉米头在66号命令之前,这俩人的的关系是虽然有争议(比如玉米头认为,巴卡拉对于手下克隆人的要求太高太苛刻)的相互尊重的。