首先是若狭，羽案回忆结束后仍存在很多谜团

若狭还存在的谜团
1阿曼达临终前交代给了若狭的事情
2若狭在这之后与组织的联系，从她拥有现代版a药名单，灰原的雷达，知晓组织近况，认识宫野夫妇，对组织做出过评价，可以看出，她与组织应该还有更深层次的联系
3与宫野夫妇的关系，如何认识的宫野夫妇，若狭对宫野夫妇评价是性格温和，但也说了艾莲娜是改变了她人生的女人，以及灰原对她的态度是否与这有关

4若狭这17年的经历，这17年在哪，若狭17年前可谓是智商警觉性为负，但17年后，若狭简直是蜕变了，智商警觉性布局能力值拉满，背后是否有高人指点，如果单靠自己，我觉得很难有这么大的提升，同时性格也发生了翻天覆地的变化，所以这17年间若狭的经历很值得在意
5与赤井55的相遇经过，以及是是否和55或者玛丽还有更深层次的交流，因为她对55的评价是温柔的可以依靠的，如果单凭55救了她的话，我觉得得不到这么高的评价，所以可能之后还与55或者玛丽一起合作过？

6若狭是如何锁定柯南为目标的，她接近柯南的目的是什么，她后面刺探灰原的目的又是什么，灰原对她来说又有什么利用价值，以及她对a药有多少了解
7若狭身上的伤痕，是追杀时留下的？还是经历了严厉的拷打

黑田还存在的谜团
1黑田去找阿曼达的目的是什么，是想交流什么情报，背后指挥黑田的人是谁
2黑田昏迷了10左右，也就是差不多从7年前到现在的时间线里，黑田又在哪里做什么，安室透景光是否是他培养的，他现在再次出动的目的又是什么
3雪山篇他对高明说的话是什么，他现在到底对朗姆知晓多少？
4他与伊织的关系，从黑田身上能是否联系到伊织这个人物，伊织对主线的影响

朗姆羽案回忆结束后又增加了新谜团

朗姆存在的谜团
1朗姆的父亲是谁，还在世吗，朗姆家族与乌丸之间的关系
2朗姆对a药的了解情况，他又是如何得知现在a药的作用的
3朗姆与赤井一家的关系，他的眼睛是否为55打伤，后面贝姐灌药玛丽是否是他指示，他这样做的目的是什么，为何间隔了17年才动手
4他与贝姐的关系，朗姆是否知道贝姐服用过a药
5朗姆这次出动目的是什么，接触毛利小五郎目的是什么，以及他要工藤新一的情报是为了什么，是想确定a药效果吗，他现在对柯南了解又有多少

若狭身上还有一个疑点，就是若狭作为阿曼达的养女，身边的保镖，那阿曼达的亲戚应该也是知道的，但应该前面剧情说了阿曼达的亲朋好友都不知道浅香这个人物，也不知道阿曼达为什么要雇这个保镖，那这就矛盾了，强行解释或许是阿曼达的亲朋好友为了保护浅香所以隐瞒了浅香的信息