荷鲁斯派：用救荷鲁斯的方法救帝皇。
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荷鲁斯派是审判庭早期的主流。荷鲁斯在达文行星对战他的老朋友尤金·坦巴，尤金已经被混沌邪神纳垢腐化了，用艾瑞巴斯给的宿敌剑刺伤了荷鲁斯的肩膀导致荷鲁斯一病不起，艾瑞巴斯又去骗阿巴顿和小荷鲁斯把荷鲁斯送去达文的卫星上的盘蛇密教神殿，在那里，荷鲁斯被混沌邪神腐化后复活，导致了后来的荷鲁斯大叛乱。荷鲁斯派想要用同样的方法复活被荷鲁斯打成重伤的帝皇。这个派系很快被帝国驱逐，创始人茉莉安娜目前正在恐惧之眼亚空间裂隙里忽悠着残余叛军首领阿巴顿进行一万年的“长战”，发动了13次黑暗远征。茉莉安娜实际上是被冒名顶替的，并不是马卡多的亲选特工茉莉安娜，而是最古老的永生者欧尔·佩松归隐田园在极限战士的五百世界（行星）的考斯行星上种地的时候农场里打工的灵能者少女凯特。怀言者叛变袭击了考斯行星开始了银河东部的暗影远征。欧尔·佩松用第一次世界大战时他在战壕里学来的枪斗术打败了一个怀言者手下的邪教徒队长，抢到了一把从远古时代机缘巧合流传下来的仪式匕首割裂时空，靠着他在和伊阿宋寻找金羊毛的阿尔戈号上航行时的航海技术，避开和奥德修斯遭遇的亚空间海妖，躲避着未来战死在考斯行星后成为恶魔穿越时空回来寻仇的怀言者恶魔王子姆卡，穿越到了：海湾战争东73战役伊拉克的苏制坦克被恶魔撕碎的残骸、人类帝国建立前的科技黑暗时代末期纷争时代某个被未知武器在实体宇宙和亚空间同位体都把半座城湮灭成巨大空洞的颓废城市（城中居民都沉迷虚拟世界，肉体是干瘪的行尸走肉）、回荡着恶魔咆哮声的的某处战壕、在人类历史之前已经被混沌腐化变异的森林古猿等一系列历史节点处。带着在欧尔的农场打工的灵能者少女卡特、和欧尔一起从帝国军退役种地的搬运机仆、考斯遇袭时的两个普通辅助军小兵等一系列人漫无目的逃跑
另一边，帝皇统一地球时的老百团之一考卡苏斯里维斯团的士兵传心系灵能者约翰·格拉玛提卡斯在安纳托巢都死掉之后被外星人密教派复活成了永生者。约翰·格拉玛提卡斯潜入了阿尔法军团和路西法黑卫（帝国宰相魔纹马卡多在明面上的军队，马卡多在暗中还是刺客大导师，刺客才是他真正的私兵）会面的帐篷处窃听，之后密教的艾达灵族司战让他捏脸（永生者死了复活可以重新改变长相）成基诺52千连团的一个人的样子去冒名顶替（也是老百团之一，是星际战士军团之前的早期基因改造军团，基因选育比一般人稍微强一点的男人作为士兵，军官是未成年魔法少女，她们在成年之前子宫卵巢会被割掉拿去做成繁殖工具，通过这种方法人工选育出了虽然力量薄弱而且成年之后就会消失但是可以稳定遗传的灵能，这些魔法少女会直接用精神力和男人们沟通，成年之后失去超能力就会退居二线变成医生护士之类的），之后基诺52千连团被阿尔法军团渗透，除了那段故事的男主角活了，约翰干过的一个因为即将因为成年而失去超能力而且又因为没有生育能力而欲求不满的年纪轻轻就状态类似于“中年危机/更年期”的女军官被招募进了阿尔法军团当特工之外基诺52千连团其他人都被阿尔法军团在和外星人密教会面的时候坑杀在了星球上（星球不宜居，太空舰队被突然叛变的阿尔法军团消灭了）。密教告诉阿尔法军团，帝皇赢人类会缓慢灭亡养出混沌带着全宇宙一起死，荷鲁斯赢人类会迅速灭亡但是混沌也会跟人类一起死，这样宇宙就能得救。这之后约翰直接在太空飞船上开门走了出去，以为自己这样就解脱了。结果还是没死，约翰去特劳里斯行星去找雷击岩（帝皇灵能烧玻璃，闪电击中地面融化成的岩石，可以杀死永生者），艾瑞巴斯派怀言者军团黑暗使徒瓦尔德雷克•埃利阿斯去追杀约翰，约翰被火蜥蜴军团柴薪卫队连长阿特勒斯•努米恩救了共同获得了雷击岩，但是为了拿雷击岩约翰用手指武器（太空猿猴以人类难以达到的精度制造的微缩武器，差不多就是把步兵手持枪械微缩成一个戒指套在手指上）致盲了火蜥蜴柴薪卫连长阿特勒斯•努米恩，这时候瓦尔德雷克•埃利阿斯又来抢雷击岩，瓦尔德雷克•埃利阿斯想要背叛艾瑞巴斯自己私吞雷击岩的力量升级成恶魔王子，这时候艾瑞巴斯用另一把仪式匕首（刺伤腐化荷鲁斯的那把魔剑“宿敌刃”的碎片做成的）割裂空间，传送过来救了约翰，然后让约翰拿着雷击岩放走了。密教再次联系约翰，让约翰用雷击岩杀死火蜥蜴军团的原体永生者沃坎。荷鲁斯之乱先是叛军的荷鲁斯之子、帝皇之子、吞世者、死亡守卫这几个军团在伊斯塔万星系三号行星坑杀了内部的忠诚派，然后引来忠诚派的钢铁之手、暗鸦守卫、火蜥蜴这几个军团到伊斯塔万五号行星，让伪装成忠诚派的午夜领主、钢铁战士、怀言者、阿尔法这几个军团里应外合背刺忠诚派。忠诚派里钢铁之手军团原体费鲁斯因为被叛军帝皇之子原体福格瑞姆斩首（他们本来是关系最好的，所以无法痛下杀手，但是福格瑞姆捡来的外星人剌人魔剑里的恶魔把费鲁斯斩首），暗鸦守卫军团损失惨重但是原体科沃斯·科拉克斯和游击队逃掉了，火蜥蜴军团遭遇核弹打击几乎全灭但是原体沃坎是永生者所以复活了被午夜领主折磨之后逃掉了

之后约翰见到了怀言者少数幸存的忠诚派之一巴图萨•纳瑞克。在帝皇拒绝怀言者原体珞珈发明的神皇信仰之后，怀言者堕入了混沌，纳瑞克虽然两边不讨好但是他仍然继续信仰帝皇是神皇，拿着个反器材大狙打算找机会直接把珞珈毙了，他骗怀言者叛军说自己是一起的叛军，想要渗透极限战士的五百世界，直接让怀言者军团里的几个人用混沌魔法开传送门把他送过来了，一过来纳瑞克就用大狙把这几个毙了。然后另一个没有什么道德的永生者达蒙•普瑞坦尼斯（美军士兵，在硫磺岛被外星人密教转化成了永生者特工）来让约翰执行任务。他们三个说好了，纳瑞克帮约翰和达蒙用雷击岩弄死沃坎，纳瑞克之后拿着雷击岩去弄死珞珈。方舟艾达灵族的几个大领导之一，乌思维方舟的老先知艾尔德拉德·乌思维在约翰正在马库拉格的餐馆里吃饭的时候联系上了约翰，告诉约翰别信密教。
结果这时候血天使军团原体圣吉列斯（染血者）和暗天使军团原体莱昂·庄森（狮子·森林之子）都带兵到了极限战士五百世界，太空野狼军团还排了一支光明正大的刺杀小队来说是哪个原体叛变就杀谁，午夜领主军团这时已经被暗天使军团打败，原体康拉德·科兹和军团的实际指挥者第一连长“群鸦王子”亚戈·塞维塔里昂冲上了暗天使的战舰结果白给了，赛维塔被逮捕，原体康拉德·科兹潜行在暗天使的飞船的犄角旮旯里躲着，本来狮子差点抓到科兹了结果突然有人给狮子打电话，科兹听见电话响又逃了，之后用暗天使飞船上的全部空降仓落到了极限战士军团五百世界首都马库拉格行星的地上（原体都是用帝皇基因造的，导致科兹用舌头舔了一口平板电脑，基因锁就以为是狮子在解锁），之前勉强靠传送从科兹造的折磨迷宫里逃出来的火蜥蜴军团原体永生者沃坎传送到了马库拉格的太空轨道，肉身坠入了大气层烧成了焦炭又复活了，因为之前被折磨所以神志不清，这时候又起来追杀科兹，科兹一边跑一边偷家，去偷袭极限战士军团原体基里曼的养母尤顿女士，这时候之前太空野狼军团的刺杀叛变原体的小队出场了，避免了暴打老奶奶这种事情发生。科兹埋了个炸弹陷阱差点炸死基里曼和狮子，还好帝国之拳和少数忠诚派钢铁战士战争铁匠丹提欧克在索萨行星研究怎么启动远古文明太空死灵的量子情感导航灯塔的时候把他们传送走了（但是一时半会回不来），剩下雷击岩小队约翰、达蒙、纳瑞克VS沃坎VS科兹。最后雷击岩小队击退了科兹，约翰决定不像密教命令的那样毁灭人类帝国以期望饿死吃人情感的混沌，他要拯救人类帝国，约翰牺牲了自己的永生者能力，用雷击岩让沃坎死了，但是沃坎并没有失去永生者能力，再复活就是正常状态不会因为之前被科兹折磨而复活成疯子。达蒙把约翰抓走关进了外星人密教的幻境监狱。只剩下沃坎的尸体和纳瑞克留在现场成了背锅侠。帝国宰相魔纹马卡多的亲选特工卡斯皮安·赫克特从监狱里救出了纳瑞克想把他送走，结果纳瑞克直接杀了卡斯皮安·赫克特，但是卡斯皮安·赫克特的心灵因为灵能交流（这人和约翰一样是传心系灵能者）而残留在了纳瑞克脑子里。纳瑞克隐姓埋名去和火蜥蜴军团把火蜥蜴原体沃坎的尸体送回火蜥蜴老家小夜行星，路上遇到怀言者袭击，纳瑞克被发现是怀言者，解释不清楚自己是忠诚派所以被两边打，纳瑞克跑掉之后方舟艾达灵族老先知和纳瑞克去杀了如盖特、斯劳·达哈、达蒙·普莱塔尼斯这几个密教永生者特工，救出了约翰。纳瑞克下落不明再无下文。约翰去找欧尔·佩松

约翰在地球遇到了隐居的永生者尔达（意思是“旧”），尔达是原体的母亲，她和永生者尼欧斯（意思是“新”，这人就是帝皇）的基因混合一些其他永生者的特质造出了星际战士军团的原体，她不愿意把原体当做工具，而是把他们当自己的孩子，结果她竟然出了个昏招，让混沌邪神用亚空间风暴卷走原体以期望让他们自由（结果就是被腐化了）。艾瑞巴斯追过来了，召唤了混沌四邪神的四个大魔，尔达用某种并不是亚空间灵能的魔法力量变身成巨人对战大魔同归于尽，死前把一个作为她的卫士的早期星际战士力图（名叫LE2，把LE像Lee那样读作李，把2读作two就成了力图，实际上是现实中战锤40K游戏有个早期星际战士玩具模型编号叫限量Limited版Edition 2）。约翰和力图加入了欧尔·佩松带着考斯农场幸存者的超时空逃难队伍，将其命名为新的阿尔戈号侣伴，之后他们遇到了一个叫阿克忒娅的神秘女人和阿尔法瑞斯（阿尔法军团战士全都整容成一个样子还都自称是原体阿尔法瑞斯，实际上这人是因格•佩奇）。阿克忒娅实际上就是怀言者军团还在信仰帝皇时被帝皇拒绝信仰并且派遣极限战士军团摧毁完美之城时的唯一幸存者盲眼圣女昔兰尼

怀言者军团因为信仰被帝皇拒绝而背叛帝皇转投混沌邪神的时候坑杀了监视着军团的禁军，禁军死前杀了昔兰尼。之后在怀言者初代附魔战士安格尔塔的请求下艾瑞巴斯杀了一堆奴隶做祭品把昔兰尼复活成了永生者。欧尔·佩松他们不信任阿克忒娅/昔兰尼昔兰尼，让灵能者少女卡特（还有人记得她本来只是在考斯行星上在农村打工的小姑娘吗）用传心系灵能监视阿克忒娅的思想。这时候艾瑞巴斯又追来了，约翰用从欧尔·佩松记忆里看到的Enuncia（一种不需要施法能力或材料，只需要对自己的嘴造成少量物理伤害就能使用极强法术的语言，实际上就是上帝/帝皇摧毁巴别塔通天塔让人类被预言隔阂之前的宇宙原始语言，帝皇本来打的旗号是摧毁这东西，实际上想要自己抢占Enuncia言灵，欧尔·佩松本来是战帅，因为这事在上古时代背叛了帝皇离开了帝国，摧毁了巴别塔，让里面的言灵失传只有只言片语还记得）引爆地面，约翰和欧尔跑了。昔兰尼/阿克忒娅和卡特被埋在废墟下，因为灵能连结反复复活，最终她们两个人复活在了一个融合的身体里。这时候时空已经错乱了，帝皇带着禁军瓦尔多、血天使圣吉列斯、帝国之拳多恩传送到了荷鲁斯之子军团的太空飞船复仇之魂号上去找荷鲁斯决战，结果直接到了亚空间里重叠的的必然之城/灰烬之城，很多人在地球上或者复仇之魂号上走着走着就进了这地方。多恩被恐虐囚禁折磨了几百年也没有腐化，另一边欧尔和约翰成功劝帝皇别用大招变成邪神对付邪神，帝皇自废神功（帝皇本来是终结与死亡之混沌邪神黑暗之王，会焚灭全部平行宇宙的全部世界线，但是他在亚空间和全部平行宇宙自杀了黑暗之王，变回了人样）冲破了混沌的阻碍，多恩被放出来了。多恩挖出来了阿克忒娅和卡特合体，举目无亲没有可以信任的人，还急着去跟帝皇决战荷鲁斯，就把帝国总指挥的大印给了阿克忒娅和昔兰尼的合体。她们俩回到地球之后冒充成茉莉安娜集结起了反击的兵力，在帝皇决战靠骗靠偷袭用欧尔·佩松带去的远古仪式匕首捅死了荷鲁斯之后组织起了反击兵力跟极限战士原体基里曼带来的外围援军里应外合打退了残余的叛军。

这之后“茉莉安娜”成了审判庭的创始人之一，是荷鲁斯派的创始人，后来被打为异端。而审判官艾森霍恩在追查一个假冒审判庭收集Enuncia言灵的神秘组织“闻道学会”时查出他们的首领的茉莉安娜，又查出闻道学会的上线是尘埃之城的黄衣之王，又查出黄衣之王是当年和帝皇一起决战荷鲁斯的禁军统领瓦尔多，帝国创始三人就是帝皇、禁军统领瓦尔多、宰相魔纹马卡多

帝皇决战荷鲁斯的同时，以前被荷鲁斯打败抓进监狱的基因大师巴西利奥·佛说是他可以教帝国造出毒死叛变星际战士的基因定向病毒，实际上只是拖延时间，他本来教几个小时就能搞定的事情非得拖延好几天，这样他就有时间精神控制狱卒把他放出去，结果越狱出去之后被潜行渗透皇宫的叛军午夜领主星际战士抓住了，还好禁军阿蒙打败叛军渗透部队救了他。顺便说一下，阿蒙还意外参与过帝国限制灵能者的事件，本来尼凯亚会议上灵能派有点优势，结果奸奇大魔阿蒙附身了普洛斯佩罗行星上成为了千子军团的灵能者原体马格努斯的灵能导师以及千子军团一连长的巫师阿蒙，袭击了禁军阿蒙（奸奇是专门卡了个同名ID顶号bug），导致帝皇认为千子军团控制不好灵能，就禁用了。巴西利奥·佛再次故技重施想要越狱，结果狱卒在他之前就被月球基因女巫控制了，女巫虽然讨厌帝国但是更讨厌混沌，所以还是帮佛出来了，另一边魔纹马卡多派亲选特工赞苏斯来处理佛的事情，禁军阿蒙又接到命令说要把危险囚犯都处理（处决）掉，结果佛一通诡辩愣是把阿蒙忽悠瘸了（佛说要确认命令，要不然你怎么知道是不是伪造的呢，禁军阿蒙问看门的禁军怎么回事，看门的禁军说是上级命令，阿蒙问谁能确认，结果马卡多已经上了黄金王座当柴烧了复活的永生者沃坎在旁边守着，帝皇、瓦尔多、圣吉列斯都去决战荷鲁斯了，管事的大人物全都接不了电话，阿蒙确认不了），佛这时候又说之前他造的基因定向反星际战士病毒没有考虑到亚空间影响（佛坚决反对亚空间，他认为他用几百个人的基因造出几万有星际战士级别的战斗力，身上都是梦魇一般的肢体和器官没有任何要害的恐怖生化怪兽“孽子”并不是什么坏事，反正孽子是拿纯人类材料用纯生物科技做成的，反而帝皇造星际战士原体是用和混沌邪神做交易搞来的亚空间魔法玩意），所以要去马卡多的实验室改进一下，去了实验室在改进的时候他顺手做了女巫和赞苏斯的克隆人，趁着阿蒙在外面防守冲过来的叛军的时候杀了女巫和赞苏斯，然后禁军阿蒙赶过来杀了佛，但佛其实已经把意识转移进了赞苏斯克隆人里，假扮赞苏斯和禁军阿蒙坐着马卡多的私人飞机走了。
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赞苏斯派：为了帝皇可以随意使用亚空间混沌魔法力量（讽刺的是顶替了赞苏斯的巴西利奥·佛讨厌帝皇也讨厌亚空间）

赞苏斯派的分支：费农派。虽然赞苏斯派（赞西派）已经因为随便用亚空间力量被打为异端了，但他们还是觉得是忠于帝皇的，而异端的异端，费农派，则是连赞苏斯派都忍受不了的家伙。费农派使用亚空间力量结合机械制造出恶魔引擎，他们认为帝皇和混沌都不重要，费农派唯我独尊，利用一切。费农派的特色技术是Geas电子纹身，主人可以用Geass控制仆人，加入费农派的新人一般会被以极为痛苦的方式在身上烙印隐形的Geas电子纹身，这些纹身一般由神秘学图案、守护符文、邪恶亚空间符文组成，是隐形的，在受试者主动展示纹身的时候才会显现，一般用于费农派内部确认身份。植入纹身会造成2~6的腐化和2~6的精神失常（其实是1加上5面骰子随机数），获得以后受到的腐化每次减少1的腐化减免。如果成功度+3的抵抗了主人的Geas精神控制就可以不再被Geas精神控制，但其他效果还在

托尔派：寻找帝皇转世灵童，最为主流

异象观望派（阿莫里安旁观者派）：
托尔派的的分支。
“佛本无生，岂有转世。 —乾隆皇帝”
托尔派找到的有大神通的转世灵童都是假的，基本上就是些灵能者、活圣人、恶魔宿主之类的，并不是什么神皇转世。异象观望派其实就是托尔派的老审判官干了一辈子也没找着所以心灰意冷懒得动了，不再主动干涉扶持候选人，只是监视着他们以防他们是恶魔宿主之类的

热忱派：
也是托尔派的分支，热忱派认为帝皇化身不是单独转世灵童单独个体，而是人类群体展现的

独占派：纯净派里最排外的派系，极端排外种族洁癖，认为人类至上其他都应该杀光，刻板印象中的战锤40K人类帝国种族洁癖实际上是审判庭的独占派才这样，人类帝国除了独占派之外一般的只是比较排外，还是可以和外星人有外交的